Боје боксерских капута су релативно једноставне. Сви чистокрвни боксери имају црну маску на њушци, мада она може бити делимично или у потпуности прекривена белим ознакама.
Фавн
Фавн је једнобојне боје, у распону од свијетле преплануле до тамно црвенкасте боје. Тамније младунце понекад се називају махагони или јелено-црвене боје - заправо у неким земљама се за опис боје користи израз "црвена" уместо срне. Тамније младунке могу имати неке црне длаке прошаране у капуту или длаке могу бити преливене црном бојом. То може створити мала црна подручја или „размазивање“ на деловима капута, посебно на ивицама ушију.
Бриндле
Друга боја у АКЦ боксерском стандарду је тиграста, која је црна на пругастом основном премазу. Технички гледано, сви боксери су бели - тигра је шаблон за обележавање, а не стварна боја. Међутим, много је лакше назвати тиграстом бојом и та конвенција је добро функционисала век. Бриндле боксери могу на свом јелењем телу имати само неколико пруга - понекад у шали названих „фриндлес“. На другом крају спектра, пруге могу бити довољно тешке да, како описује стандард Америчког кинолошког клуба, „створе изглед обрнутог тиховања“, јер изгледа као да су јелење пруге насликане на црном телу. Основна боја јелење смеђе боје увек треба да буде видљива, чак и ако се налази на само неколико мањих површина на телу.
Бео
Бела је још један образац обележавања - генетски су сви бели боксери или бели или тиграсти испод белог „фарбања“. Количина белих ознака може се знатно разликовати, од никакве до 100 посто покривености. Боксери са белим ознакама који покривају једну трећину или мање тела називају се „дречавим“. Ове ознаке се обично налазе на стопалима, ногама, врату и лицу. Када је већи део тела бели, пас се назива белим боксером - опет није технички исправно, али тако је лакше. Бели боксери често имају мрље у боји, обично на ушима или око очију, а повремено и на леђима. АКЦ пружа регистрацијске кодове и за беле ознаке и за белу боју.
Бели боксери нису ретки или необични; док званична статистика није вођена, разумна процена је да је око 20 процената свих боксера бело. Пси са белом бојом која покривају више од једне трећине тела су дисквалификовани са изложби паса према стандарду расе, а етичким кодексом матичног клуба забрањено је узгајање. Бели боксери могу учествовати у послушности, окретности, пастирству, курсингу, релију и другим активностима.
Генетика
Генетика боја боксерских капута је јасна. Тиграста је доминантна у срне, што значи да ће пас са чак једним геном тигра бити тиграст. Модификатори, уместо тиграстог гена, одређују количину тиграстих пруга на боксеру - пас са два гена тиграста може или не мора имати више пруга од пса са једним тиграстим геном. Беле ознаке узроковане су екстремним гомољастим геном и оне су доминантне. Пас са једним белим геном биће блештав, док ће пас са два бела гена бити углавном или потпуно бели.
Црн
Све већи број узгајивача продаје „црне боксере“, који се често продају као „ретки“ и продају се по високим ценама. На несрећу, црни капут је генетски немогућ за боксера, а АКЦ не даје код боје за црну боју. Једини начин да добијете црни капут је прелазак боксера са другом расом. Будући да је црна боја доминантна у срнећем и тиграстом, она не може бити "сакривена" генерацијама; ако пас има један ген за црну боју длаке, имаће црну длаку.
